HPV virus napadá především metaplastické buňky transformační zóny děložního čípku. Dostatečná epitelizace děložního čípku neposkytuje vhodné prostředí pro kolonizaci HPV.
Změny ve vaginálním prostředí přispívají ke ztrátě funkčnosti epiteliální bariéry děložního čípku. Podílejí se také na přenosu a přetrvávání HPV viru, jakož i následné tvorbě neoplastických forem.